U skladu sa navedenim položajem Ustavnog suda, sudije tog suda moraju biti ugledni pravnici najviših moralnih osobina. Ovi ustavni kriteriji su precizno razrađeni u Zakonu o Visokom sudijskom i tužilačkom vijeću Federacije BiH (broj: 22/02 članovi 22. do 24.).

Postupak izbora sudija Ustavnog suda bitno se razlikuje od izbora sudija ostalih sudova. Ovim se postupkom osigurava transparentnost i jednaka dostupnost ove funkcije svima koji ispunjavaju predviđene uslove. To se omogućava javnim konkursom kojeg raspisuje Visoko sudijsko i tužilačko vijeće. Ovo vijeće, na osnovu utvrđenih kriterija, vrši rangiranje prijavljenih kandidata na osnovu čega predsjednik Federacije, u saglasnosti sa oba potpredsjednika, predlaže kandidate za sudije. Za imenovanje sudija potrebna je potvrda većine delegata Doma naroda Parlamenta Federacije koji su prisutni i koji glasaju.

Izabrane sudije ostaju na dužnosti do 70-te godine života. Prije ovog roka njihov mandat može prestati samo ostavkom ili smjenom u kom slučaju odluku o smjeni donosi sam Ustavni sud i to konsenzusom ostalih sudija toga suda.

Nezavisnost sudija Ustavnog suda, kao i sudija drugih sudova, osigurana je i imunitetom u pogledu krivične i građanske odgovornosti za mišljenja koja da, ili za odluke koje donese obavljajući svoje službene dužnosti (član 71. Zakona), kao i plaćama i drugim primanjima koja ne mogu biti umanjena za vrijeme vršenja sudijske funkcije. Preciznije odredbe o ovome utvrđene su spomenutim zakonom.

Ustavni sud Federacije sastoji se od devet sudija, od kojih su najmanje po dva iz reda sva tri konstituivna naroda i jedan iz reda ostalih. Ova struktura je utvrđena Amandmanom XLVIII na Ustav Federacije iz aprila 2002. godine, čime je i u ovoj instituciji osigurana zastupljenost sva tri konstitutivna naroda u skladu sa poznatom odlukom Ustavnog suda BiH o konstitutivnosti naroda iz jula 2000. godine.

Sudije Ustavnog suda između sebe biraju predsjednika Suda. Do stupanja na snagu Zakona, predsjednik je bio biran na mandat od jedne godine. Zakon je propisao da mandat predsjednika traje šest godina. Amandmanom XLIX iz aprila 2002. godine propisano je da se i funkcija predsjednika Ustavnog suda uključuje među šest funkcija u federalnoj vlasti među kojima se mora osigurati odgovarajuća nacionalna zastupljenost. Od tih šest, najviše se dvije mogu popuniti iz reda jednog konstitutivnog naroda ili iz reda ostalih. Amandmanom LXXIV iz oktobra 2002. godine propisano je da će se najprije popuniti mjesta premijera Vlade i predsjedavajućih oba doma Parlamenta, a zatim predsjednika Ustavnog i Vrhovnog suda i federalnog tužioca.